A szakosztály 1949-ben alakult meg. Ebben elévülhetetlen érdemeket szerzett Laky Károly. Az ötvenes években lendületes utánpótlás-nevelő munka alakult ki a Szőnyi úton és olyan vízipólósok ismerkedtek itt meg a sportág alapjaival, mint Bolvári Antal, Markovits Kálmán - későbbi olimpiai bajnokok -, vagy Martin Zoltán. 1966-ban lett először bajnok a BVSC az OB. I-ben Laky Károly vezetésével. Erősségei voltak a csapatnak a Konrád testvérek, a Gyerő testvérek és több más híresség. A BVSC csapat 1985-ben Gyarmati Dezső vezetésével újra bajnok lett. Ebben a csapatban szerepelt többek között Horkai György és Gerendás György. Nem sokkal ezután Gerendás György lett a felnőtt csapat vezetőedzője. Irányításával a BVSC a kilencvenes évek végén négyszer egymást követően bajnoki címet szerzett! Folyamatosan több válogatott nőtt ki a BVSC csapatából, így Szécsi Zoltán és Mercz Tamás, akik olimpiai bajnoki címet értek el 2000-ben, 24 évvel azután, hogy Horkai György személyében olimpiai bajnok vízilabdázója volt a szakosztálynak. A női csapat a nyolcvanas évek elején alakult és 1986-ban lettek először bajnokok az OB. I-ben. 1991-ben öt Európa- és 1994-ben hat világbajnoka volt a BVSC-nek a női szakágban. Az utóbbi években Györe Lajos edző tett a legtöbbet a női szakág fejlesztéséért. Ő azonban ebben az évben megvált a szakosztálytól. Gerendás György távozása után Besenyei Attila vette át az OB I.-s csapat irányítását. Majd Vincze Balázzsal kötöttek 3 éves szerződést. A főleg 21 év alatti játékosokból álló csapat 2007-ben 8. lett a bajnokságban. Nemzetközi porondon az Interligában első helyezést ért el. 2007-től az utánpótlás csapatokért felelős edző Petlyánszki Péter lett.